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• Controle Interno – CCI

• Desenvolvimento Florestal – Codef

• Educação Ambiental – Ceam

• Geociênciais – Cogeo

• Gestão e Recursos Humanos – CGRH

• Licenciamento e Monitoramento Ambiental – Colmam

• Recursos Hídricos

• Patrimônio, Administração e Finanças – Copaf

• Planejamento e Orçamento – CPO

• Povos Indígenas – Copin

• Proteção Ambiental – Copam

• Regularização Ambiental Rural – Comrar

• Tecnologia da Informação – CTI

• Unidades de Conservação